Die Kraftstoffeinspritzung der KX250F hat zwei Einspritzdüsen: eine Einspritzdüse in Strömungsrichtung hinter der Drosselklappe (wo sich bei Standard-Einspritzanlagen die Einspritzdüsen befinden), und eine zweite Einspritzdüse in Strömungsrichtung vor der Drosselklappe nahe der Airbox.
Im Unterschied zu Doppel-Einspritzanlagen in Supersportmodellen (wo die obere Einspritzdüse nur zeitweise arbeitet, um bei Bedarf zusätzlichen Kraftstoff bereitzustellen), haben die beiden Einspritzdüsen der KX250F unterschiedliche Rollen. Die in Strömungsrichtung hinter der Drosselklappe angeordnete Einspritzdüse sorgt für gleichmässige, sofortige Gasannahme, während die in Strömungsrichtung vor der Drosselklappe angeordnete Einspritzdüse für die Bereitstellung der Leistung zuständig ist. Bei höheren Drehzahlen und weiterer Öffnung der Drosselklappe übernimmt die vor der Drosselklappe angeordnete Einspritzdüse den Betrieb. (Je nachdem, ob ein niedriger (1., 2.) oder hoher (3., 4., 5.) Gang eingelegt ist, geschieht diese Übernahme progressiv oder spontan.)